Я не пробовал, но как я заметил почтовик(а у меня до сих пор 1024.5 sp 5) строит уникальность только по номеру накладной и коду БД, то есть если есть накладная или вообще какой - то документ с таким же номером, то сравнивается толко код БД, и если он одинаковый(т.е. документ создан в то же БД) он ложится поверх без проблем (реквизиты документа меняли, дату..много чего меняли вот только МХ не меняли, а остальное уже всё опробовали - если коды БД и номера документов совпадают, то почтовик обрабатывает все без проблем и новая накладная ложится поверх старой с правильным апгрейдом)