Попробовал разные варианты, оказывается так долго проставляются основания если выбрать "по последнему приходу". На сервере в это время высокая нагрузка на процессоры (50-60% для четырех ядер) и совсем нет дисковых операций.
Если проставлять основания по товародвижению - то, быстро как и ранее.