Проблема решена.
В карточке магазине на вкладке "Логистика" выла активная опция "отключить перерасчет остатков".
Опция была отключена, так как данному месту хранения нужен пересчет остатков при регистрации накладных.
Затем в Административном модуле была запущена утилита "Перерасчет остатков".