Во-первых, к Net Framework это вряд ли имеет какое-то отношение. Шанс есть, но, на мой взгляд самый минимальный.
Во-вторых, танцы с бубном в регистре не надо делать ни при каких причинах.
В-третьих, если откат системы не помогает, в таких случаях надо делать восстановление из образа.
Вопросы простые.
1. Программа автоматизации сломалась на одном компе или на всех сразу? Другие компы с работающей/неработающей есть?
2. Какой антивирус?
Если навскидку, то мне кажется, что причина либо в замусоренности компа, либо в удачном сбое по питанию.
Учитывая танцы с бубном, предлагаю винду переустановить с форматированием всех дисков, НЕ обновлять и не выпускать в инет. Поставить ТОЛЬКО эту программу по колонкам и попробовать ее запустить.