Честно посмотрела структуру таблиц СМ2000, касающуюся чеков...
Грустно не увидела ни одного поля, куда бы можно было поместить произвольную информацию, и комментарий кстати тоже.
Единственное, что могу предложить, если в магазине не предполагается оплата по банковским платежным картам, использовать SMCashAuth. Там есть особо не контролируемые системой 20 символов под номер кредитной карты.