Боюсь, что энциклопедию тут никто писать не будет. А сваливать несколько вопросов в одну тему запрещено правилами.
Я не очень понимаю, к вам Супермаг вообще как попал? Никто обучение не проводил, просто дистрибутив дали?
Нельзя настраивать программу лоскутно, тут настроите - там вылезет, а то и в итоге через полгода выяснится, что настроили не для того, что нужно. Для настройки обычно готовится предпроект со стороны вендора, "Сервис Плюс". Т.е. специалисты опрашивают бизнес, кто как работает и готовит документ, по которому либо вы, либо саппорт настраивают систему.
Для рассылки документов используется почтовый модуль, в нем и настраивается рассылка, ее правила. Соответственно, документы можно создавать где угодно, исходя из имеющихся данных (документов и остатков), после чего рассылать туда, где принимается решение, например.