однозначно сказать что лучше нельзя, на мой взгляд все зависит от того как организована внутренняя кухня обмена в программе - используется упаковка команд или нет, читается буфер сом целиком или как это часто бывает посимвольно :)
для сетки - при чтении в ответе всегда ровно столько сколько отдает фр за раз, размер буфера можно установить достаточным для запроса (не упакованные команды могут возвращать до 10кб)
для сом порта такое не всегда возможно - столкнулись с тем что не все железные в отличии от усб2сом поддерживают установку размера буфера (нам - укмвин - даже пришлось разделить их по номерам портов), так же сетка позволяет работать с одним фр с разных рабочих мест, в то же время при сом можно получить более быстрый отклик от фр поскольку нет накладных расходов связанных с передачей по сетке
из последнего - фр был по ком порту - посыпались ошибки связи и фактически остановка работы т.к. выход за все разумные пределы как по кол-ву попыток чтения так и по таймаутам, переключили на сетку - ошибок стало на порядок меньше
но здесь не показатель - походу просто фр дохнет, так как внутренняя отладка в программе показала, что в ответе на команду есть заголовок самой команды (как и должно быть) и ... мусор от какого то раннего чека от января, который в конце концов дополняется ответом на команду после 3-й попытки вычитки буфера, но по крайней мере это не приводит к остановке работы что происходит при сом (там просто невозможно дождаться окончания ответа)
т.е. здесь надо смотреть на конкретные условия применения :) если с железом все ок! то и работать будет ок! как по сетке так и по сом - опять таки это все с точки зрения обмена с железкой - сам фр независимо от обмена обрабатывает команды одинаково