Надо. Там, теперь как и в самой кассе, появилась галочка - "Работа с маркированным товаром". Что само по себе предусматривает единственно возможый в этом случае по текущему законодательству ФФД-1.2. Если маркировки нет - то регистрируйте по любому ФФД - хоть 1.05, хоть 1.1, хоть 1.2