Для магазина должна быть указана Цена для кассы, учетная цена тут не влияет.
По-умолчанию СМ кроме цены для кассы выгружает все прочие виды цен, привязанные к магазину.
С какой-то версии стало возможно для определенных видов выгрузку на кассу отключать.
Используемый конвертер выгрузки назовите, что за ПО на кассе и как собираетесь вторую цену там использовать.