Wine в основе это набор библиотек, аналогичных по вызовам виндовым. Он перехватывает обращения приложения к win api и переадресует на соответствующие свои библиотеки. Визуально работает медленнее, чем на windows, но не принципиально. Есть некоторые нюансы, которые можно и со своей стороны отследить. Etersoft давно затачивает свою реализацию wine под всякое деловое ПО. Как ни странно, приложения работают. Не так хорошо, как на винде, но все же работают и решают задачи.
Для сборки нативных приложений под линукс хорошего уровня инструментов мало и стоят они недешево. Плюс нужно немало времени и ресурсов на изучение и разработку новых продуктов. Так мы имеем уже готовые приложения под windows, на разработку которых потрачено много лет, на которых работают реальные пользователи, и они могут работать на линуксе. Это расширяет возможности для имеющейся кодовой базы.