Долго открываются приходные накладные в одной базе. : Супермаг Плюс (Супермаг 2000)

может, спецификация гигантская, а комп, на котором она отрисовывается, не очень быстрый? видишь же, событие ожидание - передача клиенту...
либо ее код посмотри, либо трассировку выполни... все тут на форуме уже описано

Полный сбор статистики оптимайзером решил проблему (ForceStats).

Еще раз настоятельно рекомендую посмотреть на то, что он работает регулярно, в том числе ночью. Может, тупо для файлового бекапа ночью останавливаешь базу и он не работает в МТ. При штатной работе ForceStats не требуется.