Партионный учет с точки зрения ЕГАИС - это учет в разрезе Справок 2, а не коробок/паллетов.
Идентификаторы коробок в ТТН ЕГАИС указываются справочно. По ШК короба нельзя запросить в ЕГАИС его состав (как в ЧЗ).
По поводу обязательности сканировать при приемке - в законах такой обязанности не описано. В ст. 14 171-ФЗ используется фраза:
"1. Организации, осуществляющие производство и (или) оборот этилового спирта (за исключением фармацевтической субстанции спирта этилового (этанола), алкогольной и спиртосодержащей пищевой продукции, а также спиртосодержащей непищевой продукции с содержанием этилового спирта более 25 процентов объема готовой продукции, обязаны осуществлять учет объема их производства и (или) оборота."
Каким образом вы будете осуществлять учет - ваше дело. Но за недостоверное его ведение возможен штраф. Поэтому при проверке инспектор может спросить "Как вы принимаете продукцию?".
С коробками на практике сейчас проблем почти не осталось. Все производители/оптовики чаще всего с их сборкой не ошибаются. Ранее, крайне редко встречались пересорты (в ТТН в коробке одни марки, а по факту в ней другие марки). Еще могут быть проблемы в учетной системе со сборными коробами - коробками в которых сразу несколько разных видов алкоголя отгрузили. По таким коробкам сложнее в программе реализовать логику приемки и оформления актов расхождения, поэтому с этим могут быть проблемы.