насколько помню структуру, для поставщиков нет таблицы, где бы хранилась задолженность.
стало быть, она считается по накладным.
была такая занятная ошибка: не пересчитывалась задолженность по приходной накладной, если привязку возврата делали в одной базе, а потом пересылали в другую.
вот в базе-получателе была ошибка, точно как у вас
натолкнулся на нее года два назад. тогда, по срочности, выкрутились простым скриптиком, который пересчитывает задолженность по накладным.
поскольку задача была решена - не отслеживали, исправили ошибку или нет.
есть вероятность, что вы все делаете правильно, просто см отрабатывает коряво.
имеет смысл подробно записать последовательность действий, приводящих к ошибке, и обратиться в поддержку.