приёмка товара помарочно (сканированием марок на входе при поставках) - эту проблему исключит.
если помарочное сканирование невозможно (из-за объемов или из-за нежелания, если есть возможность, но нет желания) - то такие проблемы возможны.
из собственного опыта (приёмка крепыша помарочно) - ооочень редко - то выявляли марки, которые не были отгружены в ТТН ЕГАИС, но фактически были отгружены (в основном - на коньяках, как помню, это было)..
естественно - не принимали и составляли акт расхождений.
по поводу "что делать", если такое уже случилось (марка была ранее продана чужими, и слава Богу, что онлайн-проверка УТМ это вычислила, ну или - при списании через акт списания (кхм - а почему именно через акт, а не через кассу) - егаис отклонила) - удержать с виновных (а если виновные не выявлены - то с материально-ответственных лиц (МОЛ), согласно трудовому договору и коллективному договору о мат.ответственности)