Проблему удалось решить - просканил индексы, 2 оказалось в состоянии unusable, перестроил их, прогнал оптимизацию и почтовик заработал как надо. После почтовика версии 1.024.6, новый - просто праздник какой то! Правда на нескольких магазинах возник странный глюк. В настройках стоит исходящие пакеты в папку out, входящие в in, но почтовику, как будто пофигу, выкладывает файлы строго наобарот, т.е. исходящие в in, а входящие в out. Пробовал удалить запись о базе в почтовике, создать заново, удалить путь к папке, сохранить, ввести его вновь, сохранить, всёравно та же история.
Но главное, что теперь не тормозит, спасибо за внимание!