После очистки временного каталога попробовал бы проверить список процессов (лодер мог закрыться, но не выгрузиться), прибить его, если что. После назначения временных каталогов сейчас, до перезагрузки сервера, надо проверить, что все приложения были закрыты после назначения новых каталогов. Открытые ранее приложения будут знать только о старых каталогах.