На чеке удаленные позиции всегда печатаются в режиме 'Во время расчета'
В режиме печати 'После расчета' - не помню точно, или совсем не печатаются, или зависит от некой константы в скрипте печати receipt.lua
В базе такие позиции сохраняются, в просмотре чека ты их увидишь выделенными цветом.
Так в v42, вряд ли менялось дальше.
Отчета стандартного нет, при желании/умении можно написать свой.