Вплоть до v44 в отчетах по выручке в паре селектов (report_payments_helper.php) есть такая инструкция: STRAIGHT_JOIN
Чисто вредительская, без нее время выполнения меньше в разы.
1) Оно же на корректность сумм не влияет, убрать можно спокойно ?
2) В 45-46 оно осталось ? Кому не лень, проверьте/потестите.