Ничего страшного в таком распределении места нет. Вначале были забиты первые файлы, мелкими кусочками, а потом кусочки собирались в целое на свободном месте, которое было в новом файле. Со временем заполнятся и старые файлы. НО, если я твой лог видел сегодня утром, то рекомендую все WARNING перебрать. И /crk больше не включать, он просто так не ругается. Там было многое, на что стоит обратить гораздо большее внимание, чем на заполнение файлов. Например, на битые индексы.