Можно поступить следующим образом
Поднять менеджер серверов, и настроить на нем все что есть на каждом из магазинов , объединяя настройки если они одинаковые, и когда будешь подключать магазины, нужно будет перерегистрировать кассы, чтобы они правильно на магазины сели, и слили продажи, которые поднимуться на менеджер серверов