простого ответа точно не будет.
для начала надо смотреть, на какие номера портов, прерывания, и адреса ввода-вывода садится контроллер. в идеале, все эти параметры надо подгонять под полную замену сгоревших.
кстати, не помню напрочь: в биосе тошибы можно отключить порты поштучно? чтобы не зажимались ресурсы сгоревших.
в принципе, имеет смысл поискать профессионального монтажника и заменить на маме микросхемы портов. там поверхностный монтаж, но довольно неудобный да ножки мелкие как и расстояние между ними. только монтажник должен быть именно профи: при небольшом перегреве начинают отслаиваться дорожки печатной платы.