если есть модуль ЦО,то сначала инициализируем новую подчиненную базу, а потом рассылаем почтовиком справочники. если в результате получится 2 независимых магазина, то вариантов 2.
1-й через exp/imp перетаскиваем необходимые таблицы
2-й снимаем копию базу, переименовываем, пересоздаем контрольники, удаляем все документы, чистим историю цен и т.п.