Нашел кассу у которой есть похожее расхождение при закрытии смены.
Оказалось также расходится время в шапке и подвале чека.
По всем признакам это должна быть проблема синхронизации "фискального" и системного времени.
Закрыли смену, выключил все питание, включил - результат тот же. Время в шапке и подвале чека расходится на 4 минуты.
В чем может быть дело?