Не совсем рассчет себестоимости... но видел такое решение:
все товародвижение в СуперМаге...
потом выгрузка всех документов и загрузка в 1С: управление торговлей
ну и соответсвенно уже в 1С все и считается при проведении документов
(но кол-во магазинов - 3)