Вобщем, проанализировал ситуацию. Из ЦО в Магазин я отослал 2 акта. Имеем всего 9 позиций. Значит решение такое:
1. В Магазине создаю акт, которым правлю цены на эти 9 позиций.
2. В Магазине создаю копии всех актов со свежими ценами, которые отослал в ЦО. И рассылаю в ЦО.
И все в порядке. Вроде ничего не упустил. Жду подтверждения знатоков