Многое зависит от твоего знания этих двух систем. После такого вопроса возникают сомнения в значительности знаний обоих. Linux при значительных затратах на его тюнинг даст больше выигрыш и стабильность. Если пользователей мало или времени возиться нет, можно абы как, чтобы работало - поставить win64 и не париться.