Ну, как минимум, вижу два момента:
1. Необходимо учесть доп. параметры старых веток, например, наценка, и задать соответствующие в новых.
2. По внутреннему баркоду товара нельзя больше будет определить принадлежность к отделу/группе/подгруппе. Например, баркод товара 80305Х говорит о том, что эта карточка находится в отделе 8, группе 803, подгруппе 80305, но если карточка перенесена в другую ветку, то это утверждение становится неверным. Карточка останется работоспособной, но для определения ветки необходимо будет заходить в карточку и смотреть номер подгруппы. С этим, к сожалению, ничего сделать нельзя - ссылочная целостность.