И опять спасибо, разобрался.
На сервере скачиваем от сюда seamlessrdp.zip, распаковываем его, например, в c:\seamlessrdp
Далее на клиенте команда может выглядеть примерно так:
Код:
rdesktop -A -u user -p password -s "c:\seamlessrdp\seamlessrdpshell.exe c:\sm2000\bin\sm.main.exe" -c "c:\sm2000\bin" x.x.x.x
Только в первые несколько секунд окно рабочего стола все равно проскакивает, было бы хорошо еще бы его скрыть.