Изначально криво.
Можно сделать расходную накладную на этого постовщика с карточкой типа услуга на сумму скидки. В бухгалтерию она должна попасть и уменьшить задолженность на свою сумму.
Есть ещё один косячёк с тем, что некоторые поставщики криво округляют НДС, на больших накладных расхождение доходит до двадцати рублей. Расхождение - это всмысле наши вбивают цены и количества и получают итоговую сумму отличную от итоговой суммы в накладной.
Если количественный учёт в бухгалтерии не ведётся, то можно в неё выгружать только "сумму по документу поставщика". В этом случае какое бы ни было содержимое накладной - за неё всегда будешь платить эту сумму.