Дело то не в том, что скидка не применяется, а в том что если для базы установлена опция "Параллельное применение скидок" она считается не с той суммы:
Подитог чека: 100, 25
Скидка (какая-нибудь) : 0, 68
Скидка на мелочь: 0,25 (считается от первоначальной суммы)
В результате получаем: 99,32
А хочется :
Подитог чека: 100, 25
Скидка (какая-нибудь) : 0, 68
Скидка на мелочь: 0,07
В результате получаем: 99,50
По сути нужно, чтобы опция "параллельное применение скидок" для данной скидки не действовала.
А совсем "по-хорошему" - настраивалась в матрице скидок для каждой группы скидок.