Нумерация счет-фактур совпадает с нумерацией расходных накладных.
Нет, там есть возможность ввести № счет-фактуры вручную, но тогда и нумерацию делаем самостоятельно.
А изменение нумерации расходных накладных (и любых других документов) достигается изменением префикса документа. Сразу после изменения префикса нумерация начнется с 1.