Если кто столкнется с подобной проблемой...
Решение было на поверхности, а точнее в документации:
Для операций по счетам клиентов с типом начисления на счет "Сумматоры с периодическим пересчетом" существуют еще 2 типа операций "продажа" и "возврат". Эти операции "заменяют" чеки, с аналогичными операциями в смысле их учета периодическими сумматорами, то есть документ влияет на сумму расчета, если его дата попадает в период расчета. Для периодических сумматоров суммы по операциям с типами "приход" и "расход" безусловно изменяют сумму на счету клиента независимо от периода расчета, поэтому операции этого типа практически никогда не используются для счетов такого типа.