Не, диск-то структурно нормальный. Это косяк самой $MFT, таблицы файлов. Т.е. создал ты файлик, о нем запись в MFT, создал 100 файликов, MFT подросла. Создал миллион - она стала на 50Гб. Файлики удалил, а MFT осталась такого размера, как и была при миллионе файликов. Место на ветер. В свете маленьких SSD может быть очень чувствительно.