Вставлю свои 5 копеек.
Контролировать остатки при продажах на кассе можно только при очень небольшом ассортименте. Поскольку речь, как я понял, идет про продуктовые магазины с самообслуживанием, то это совсем не вариант. Основная задача продавать товар, а не выяснять косяки при стоящей толпе покупателей. На кассе в этом случае остатки совсем не нужны.
Вариант правки чеков, думаю, можно тоже сразу исключить. По ряду причин, тут уже перечисляли.
Наиболее разумным, на мой взгляд, выглядит автоматическое создание приходной накладной от персонала, чтобы убрать минуса. Затем скользящая инвентаризация по наиболее затронутым товарным группам, а также по подозрительным товарам без движений. Если полная инвентаризация затруднительна. Недостачу продаем персоналу. Если разница между выявленной недостачей и оприходованными минусами положительная, то удерживаем из зарплаты.
Одновременно есть смысл стимулировать персонал, чтобы внимательнее следили за товаром. Если пересорт больше некоторого порога, то штрафуем, если меньше другого порога - премируем.
В авто-заказах внутренние приходы должны различаться, например, при определении цен закупки и поставщиков они не должны учитываться.
У нас в оптовке ситуация на 180 градусов развернутая. Товары вначале выписываются на основании остатков в учетной системе, а затем набираются кладовщиками к отгрузке. То, чего не нашли и вычеркнули (левое не положишь, покупатель сразу увидит при приемке), отгружается кладовщикам. Соответственно, возникает угроза удержания из зарплаты. Это стимулирует их самостоятельно бегать и пересчитывать товары, выискивая излишки. При этом контролировать их не надо. Если пытаются "найти" товары, которых реально на складе нет, то это легко проверяется специальным отчетом (сколько нашли, сколько раз и на какую сумму в порядке убывания). Поскольку при последующей выписке эти товары снова начнут вычеркиваться. Подозрительные товары уже инвентаризируются обычным путем.
Это, пожалуй, единственная саморегулирующаяся система контроля движения товаров в опте, которую я видел. Все кроме этого при большом ассортименте товаров (в опте, производстве, разнице), реально не работало.