Не много разобрался с установкой нескольких утм на один компьютер, в общем база данных все же у каждого утм своя локальная, находиться в папке transporter называется TransportDB (точно не помню). Проблема в том, что при запуске сервисов утм, запускается всегда последний установленный, это связано с тем что при установке сервис прописывает путь в реестр (соответсвенно там прописывается последний), проверить это можно зайдя в оснастку службы и посмотреть свойства у службы transporter. Чтобы работал тот который вам нужен, необходимо зайти в папку updater, по очереди запускаем stopdemon.bat, uninstalldemon.bat (останавливаем предыдущий утм и удаляем записи о нем из реестра), installdemon.bat, startdemon.bat (соответственно устанавливаем сервис и запускаем его), и такую же процедуру необходимо проделать в папке transporter. Имена файлов могут отличаться, писал по памяти, но принцип должен быть понятен.