Дайте я скажу :)
Оптимизатор расчитан на регулярное использование круглосуточно, поскольку является не только оптимизатором, как первые версии, но и монитором в первую очередь. Я для себя определил интервал в 29 минут, что позволяет отработать ему минимум раз в час, этого достаточно. Достаточно нехитрыми комбинациями подгоняется запуск отчета синхронизации в нужное время. Как правило, это действительно ночь. Ночью никто из известных мне фирм переоценок не делает, даже памятуя про отложенные акты и прочие маркетинговые акции. Их делают на 00:00 как правило, синхронизацию я гоняю ближе к утру. Что касается остатков, то в синхронизации есть документы. На нормально работающей системе они если и застрянут в очереди, то их будет достаточно немного и по дате легко отслеживаются. Остатки каждый раз проверять не стОит, это избыточная нагрузка, как на систему, так и на проверяющего, а при живой базе остатки должны совпадать при совпадении документов, или могут не совпадать, если базы разнятся галками "пересчет остатков". Слишком много нюансов. Пока предлагаю остатки не сравнивать. Если будет конкретный пример, предлагаю его и разобрать, почему случилось и будет ли это повторяться. Отчет-то ежедневный...