У SetRetail 10 вообще довольно специфический интерфейс кассира. Большинство стандартных операций (ручной ввод кол-ва, ШК и кода) здесь идет через клавишу "ВВОД", она же enter. Если, как вы говорите, сканеры работают из коробки, т.е. без всяких настроек, то сканеры вбивают ШК аналогично вводу с клавы и на конце ставят Enter. Весовой товар или нет - значения вообще не имеет, программа умеет это различать.
Проблема в том, что программа "путает" ввод данных с клавиатуры и со сканера.
Рекомендую следующее:
1) восстановите настройки сканеров на заводские (все эти настройки тайм-аута вообще мимо);
2) настройте на сканерах одинаковый префикс (любое сочетание клавиш, которое не используется в раскладке клавы);
3) в самом СЕТе не забудьте прописать этот префикс в настройках сканера.
И да, для СЕТа будет даже лучше, если они будут работать в обычном клавиатурном режиме, а не в COM.