Как я это вижу.
Лицензия даётся на реализацию и хранение. Т.е. у вас должен быть ЕГАИС оформлен на адрес производства, при этом лицензия общепитовская, а не розничная.
Т.к. после переработки/производства алкогольная продукция "превращается в тыкву", то ЕГАИС больше нигде не нужен.
Дальше вы покупаете алкоголь у любого оптовика, принимаете ТТНку и просто списываете на "приготовление блюд".
Т.к. это общепитовское действие, то раз в квартал сдаёте декларацию..