ндс в чеке : Супермаг Плюс (Супермаг 2000)

а делить по виду оплаты:
банк(кредит), банк(безнал),
к тому же банки разные

Зачем, еще раз спрашиваю?
Где ты это собираешься показывать и для чего?

далее все это в 1с идет

Ну и что.
У меня тоже идет.
Зачем виды оплаты делить по ставкам НДС?

а если продажа юрлицу

Юрлицу через кассу?
Для юрлиц расходные накладные предусмотрены.

да через кассу, в том то и дело

Скорее не так.
Для юр/лиц предусмотрен документ "Счет-фактура кассового чека".
В котором вы и фиксируете НДС.
Юр.лицо, на основании этой счет-фактуры ставит НДС себе к возмещению.

нет такого документа мы не заводим.
Ну конечно, есть и обычный расходник, но не о нем речь.

документы юрлицо получает на кассе