1. Ты говорил, что это не на всех компах так. Как ведет себя на других компах? Подключаешь к той же базе? Попробуй подключить к компу, на котором база находится.
2. Я так понимаю, слетает галочка включать при старте в настройках драйвера? Попробуй проверить еще и драйвер АТОЛа. Там есть утилита, тест устройства ввода. Закрой 1С. Открой утилиту, поставь через нее галочку в настройках Включать при старте. Потом перезагрузи комп. Опять открой утилиту и проверь стоит ли галочка.