Возможная причина полных выгрузок.
Некоторые могут отнестись со скептицизмом, но помогло.
Возможно просто имело место быть банальное совпадение по скорости оформления чеков кассиром с периодом выгрузок кассового сервера. Оформляется чек, в это время идёт инкрементал, чек оформлен, загрузка, возможно в это время идёт ещё один инкрементал, ессесно когда касса грузится - она блокирует каталог, кассовый сервер видит блокировку, фиксирует её, через несколько минут второй инкрементал по той же схеме проходит и опять блокировка, после нескольких таких совпадений кассовик решается на полную, подсчитав колво блокировок.
Это только моё предположение, как оно работает на самом деле может сказать разработчик =)
В общем помогло увеличение интервала выгрузок с 5 минут до 15. А может просто был период напряженный, когда приходовали оч. часто... в общем сейчас всё в порядке. К сети не притрагивался.