Параллельные базы? То есть, то что у вас сейчас есть, но формируем с привязкой к КПП каждую базу?
Может да, отдельные папки и ярлыки к вашей программе, вставили одну джакарту, запустили относящийся к ней ярлык программы, получили обработали данные, из УТМа вычистили временные файлы и всё что относится к этому КПП, закрыли программу вытащили Джакарту. Вставили Джакарту от другой обособки, запустили ярлык от другой копии вашей программы. Но лучше конечно, один экземпляр программы, и в ней возможность добавлять ещё торговые точки.