Тут нужно просто понимать принцип:
Подписываем - кем??? Ну, естественно. тем, кто отвечает за передаваемые данные - соответственно это КЭП отправителя.
Потом, отправляем, предварительно заархивировав для уменьшения объема...
А вдруг "по дороге" перехватят конкуренты и украдут данные ваших поставщиков или еще что-то? (с трудом представляю, какая польза от ваших деклараций может быть для третьих лиц, но...), поэтому - шифруем.
Сертификатами, для кого это предназначено - получателей. Да, сертификаты лежат в общем доступе, но, только с открытыми ключами.
Поэтому, даже если третье лицо перехватит вашу декларацию, то даже имея эти сертификаты получателей - расшифровать ее не сможет, закрытых ключей то у него нет...
А вот получатель (получатели, 2 в слдучае алк. деклараций) - расшифруют, получат архив, разархивируют, получат подписанный ХМЛ, смогут проверить его ЭЦП, что она соответствует содержимому и никто не изменил ее "по дороге"...
Вот как-то примерно так, немного утрированно, но, для понимания принципа, я думаю самое то