Замечательно. Я так понимаю, инвентаризация проводится после работы магазина. Следует убедится, что кассовые Z-отчёты попали в СМ и товар списался с остатков. Также, следует проверить все документы на предмет статуса ниже зелёного. Те что нужно - провести, остальные удалить нафиг. Далее, создаёте сличилку. В режиме отложенной инвентаризации данные об остатках будут взяты на конец дня той даты, которая указана в сличилке при создании.
В вашем случае, скорее всего, данные о продажах по кассам не попали в ТС. Для этого следует просто пересоздать сличилку, указав туже дату.