volk13, вы были правы - фильтр обновляется сразу.
Но выяснилось одно НО. У меня "тестируемая" торговая точка не магазин, а общепит. При запросе отчёта по третьему регистру в ответ приходят две акцизки. Если эти акцизки проверять через домашнюю страницу УТМ, то одна акцизка с зелёной галочкой, а другая с крестиком типа её нет. Перезапросил отчёт для третьего с параметром общепит и да - первая бутылка целая, а со второй продано 50 грамм.
Моя ошибка была, что большинство марок частично реализованы и соответственно по большинству фильтр показывает отсутствие.
Осталось научиться своими силами получать доступ к УТМу из 1С. ))