Решается тогда так: Меняете ставки НДС утром в 8-9 утра, до начала работы магазинов. И делаете полную загрузку касс. Выдаете документы, с той ставкой которая есть на данный момент.
По точности есть другой момент: у двух поставщиков на один товар две разных ставки НДС (это не хохма а жизнь), внимание как вы будете отчитыватся по данному НДС?