Наконец-то проблема решилась, благодаря помощи Vintiknef, за что ему огромное спасибо. Проблема была в том, что при загрузке товаров в БД кассы на товар не проставлялся налог, который был выгружен и соотвенно он не мапился в нужный налог на ФР. Проблема решена путем редактирования скрипта загрузки товаров. Таким образом проблема заключалась именно в коде конвертера, но никак не в Супермаге, хотя ТП Артикса с пеной у рта утверждала обратное, при этом не предоставляя никаких доказательств и путей решения проблемы.