1. Официальная позиция РАРа отличается в разных письмах :( Очень много зависит от того, как поставлен вопрос, кто и когда отвечал (иногда даже в пределах одного МРУ РАРа). Зарегистрируйся на форуме РАРа, вооружись временем и поиском, найдешь десяток подобных писем, отличающихся содержанием.
2. Если честно, и во втором письме тоже увидела позицию "Не меняйте приход, делайте по расхождениям встречный документ". Единственное отличие - не делайте "Прочий расход", делайте "Возврат поставщику". Оптовику, по большому счету, должно быть всё равно, какую операцию указала розничная организация в своей декларации. Ни по операции "Прочий расход", ни по операции "Возврат поставщику" самого поставщика мы не указываем, и сверить 6 -7 форму поставщика с 11-12 формами розничной организации по этим операциям не представляется возможным. Оптовику важно, что указал следующий оптовик. Вот здесь РАР сверяет до документа.
3. Есть еще позиция ИФНС и Минфина в вопросах приемки товара и документооборота. Они тоже активно (в свете последней декларации по НДС) подвинулись в сторону "Не исправляем первичный документ, все исправления - в корректировочных документах".