Вариантов я вижу два:
1. Настроить конвертер импорта на СГО (для этого магазина). Загрузить на СГО кредитные карты, привязать средство платежа, убедиться, что данные дошли до базы магазина, удалить конвертер на СГО.
2. Отредактировать вид платежа в магазине, привязав средство платежа. Убедиться, что настройки "поднялись" на СГО (Перед этим, возможно, придется изменить настройки Репликации и Буферизации).
Какой из этих двух вариантов сработает, не знаю. Я давно с СГО не работала...
ну и потом попробовать выгрузить данные о продажах за предыдущие смены.