Да, немного путаете.
Как раз в вашем случае, группы мест хранения и нужны, т.к. именно они говорят о том, что у вас имеются обособленные подразделения.
Правда для трех магазинов (если я правильно понял структуру) в их группах будет по одному МХ, а в одной группе МХ будет 3 МХ.
Вот вырезка из документации:
Для заполнения деклараций по обособленным подразделениям необходимо завести на каждую обособку группу мест хранения с видом "Обособленное подразделение", добавить в них относящиеся к ним места хранения и указать контрагента - с него будут браться полное наименование, адрес по КЛАДР, ИНН и КПП (обязательны для заполнения). В отчетах надо выставлять галку "Группировать обособл. подразделения по группам МХ". Выбранные в отчете МХ, не входящие ни в какую группу МХ с видом "Обособленное подразделение" или входящие в такую группу, но без указанного у нее контрагента игнорируются (считаются невыбранными).
Если обособленных подразделений нет, то галку "Группировать обособл. подразделения по группам МХ" ставить не надо - тогда все сформируется по одной "обособке", реквизиты возьмутся с клиента "От имени" отчета.